それは、禁じられた合体―――

アクエリオンのかつての激戦から１万２千年後――

次元ゲートを超えた「異次元」からのアブダクターが人間を拉致し、
その襲来に人々はおびえて暮らしていた。
これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。

構成する３機のベクターマシンに乗り込むのは、学園「聖天使学園」に集められた若きエレメント候補生たちである。
だが学園の男女間は恋愛できないよう障壁で隔てられ、男女間の合体もかたく禁止されていた。

ある日、エレメント能力を隠して孤独に生きてきた少年アマタは、
少女ミコノと運命の出逢いをはたす。

危機を目前にして彼女を抱いたままベクターマシンに乗りこんだアマタは、
無意識に叫んだ！
――永らく禁じられた、その言葉を……。

その真の姿が明らかになったとき、敵味方のすべてが変わり始める。

恋愛禁止、男女合体禁止の状況で、《終わりを抱いた神話》が、いまここに起動する！