2031年、次世代エネルギーとして開発されていた量子リアクターの
暴走事故「翔龍クライシス」により世界は激変した。
突如、地下から広がったその閃光は、都市ビル群を呑み込みながら大地を覆い尽くし、やがて生物、機械、植物を超越・融合した未知なる特異進化生物「B.R.A.I」が出現した。

7年後、翔龍は絶対防衛都市「ネオ翔龍」へと生まれ変わっていた。
驚異的スピードで進化を遂げ人類を滅亡の危機に陥れたB.R.A.Iに対抗する、
人類最後の希望の砦である。

運命に導かれネオ翔龍に集う、レオン、クロエ、クイニー、ダグ。
彼らを防衛軍へと迎え入れる、セシル、ケイン、ジェイ、グレン。
そして、人類の存亡をかけて戦う特殊部隊「パンドーラ」が誕生する。