銀河辺境のウィンダミア王国と新統合政府の紛争は戦闘部族と戦術音楽ユニット”ワルキューレ”の歌の力によって鎮静化した。
それから数か月後、ウィンダミアで停戦記念式典が開かれる。そこでエアショーを披露するΔ小隊と空中騎士団。ワルキューレ達も首都の街をステージに華麗なライブを展開する。
ライブの後、家出して飛び出してきた故郷の村に里帰りするフレイア。そこで歓待を受けるワルキューレやΔ小隊のメンバー達。しかし、ウィンダミア人と地球人の間には埋められない溝もあった。
懐かしいリンゴ畑で互いの想いを語り合うフレイアとハヤテ。
そんな時、美雲に似た奇妙な歌声と共に謎の敵が襲来し、猛攻をしかけて来る。
すかさず襲撃に向かうハヤテとフレイヤ達の運命は・・・・・。