西暦2059年。新天地を求めて銀河を航海する移民船団「マクロス・フロンティア」は 未知なる重機甲生命体「バジュラ」の襲撃を受ける。

だがS.M.Sの命懸けの死闘、そしてシェリルとランカという 2人の歌姫の力により、交戦は終了した。
それから数か月後―。

スターへの道を駆け上がる「ランカ・リー」と、死を予感しながらそれでも高みを目指す「シェリル・ノーム」。
ふたりの少女の間で、「早乙女アルト」はバルキリー・パイロットとしての成長を遂げつつあった。

だが、永遠と思われていた平穏な日常は長くは続かない。
動き出す陰謀の影。

歌姫の秘密、バジュラの力を狙って暗躍する人々の欲望が船団を覆うとき、ふたりの歌姫をつなぐひとりの少年 「早乙女アルト」の駆る翼が、二人の歌声とともに戦いの空に舞い上がる……！

絵コンテ　クライマックス 

シェリルの言葉で吹っ切れたアルト。ついにシェリルとランカが合流し、「ライオン」パートのスタート。