バジュラやギャラクシー船団とSMSの戦いから数年後、決戦での熱唱で力を使い果たした銀河の妖精シェリル・ノームはいまだに眠り続けていた。もう一人の歌姫ランカ・リーは、シェリルを目覚めさせるには、最後の戦闘で行方不明となった早乙女アルトの存在が欠かせないと考える。そこでランカは、ライブツアーで銀河をめぐりながら、アルトの消息を探していた。
そんな時、ランカの歌にプロトカルチャーの遺跡が反応。ランカはSMSのメンバー達とともに「魂の井戸」と呼ばれる遺跡の調査に向かう。
そこで彼らが見たものは・・・・・。