1999年に落下した異星人の戦艦がもたらしたオーバーテクノロジーをめぐって地球統合戦争が勃発。
ベテランパイロットたちは次々に失われ、まだ10代の少年たちまでが戦場にかりだされていた。

2008年、鳥人伝説の伝わる南海の孤島マヤン島近海で異常なエネルギー反応が探知された。
それは異星人がはるか昔にこの地上にもたらした、オーバーテクノロジーの遺産（プロトカルチャー）かもしれないと予測された……。

統合政府と、反統合勢力は未知の遺産を入手すべく、開発されたばかりの新型可変戦闘機VF-ゼロとSV-51を投入し、
激しい争奪戦を繰り広げられることになる。

海と山とジャングルの島を舞台に“VF-ゼロ”に命を賭けて戦う男たち。
そして島に伝わる伝説の力を守ろうとする少女たちの恋と夢……。
美しい珊瑚礁やジャングルが戦場に変わり、時代が大きく移り変わろうとしてゆく。

伝説と最新兵器が交錯する中、若者たちは戦いの果てに何を見るのか……。